Muita gente reclama que o GNOME é pesado,  no entanto, é possível através de alguns truques, reduzir o consumo de CPU. Por exemplo, escolher um tema mais leve, exibição de ícones pelo nautilus entre outros.

A dica é do próprio site do GNOME. Se o tema do seu desktop é o CRUX, por exemplo, você deve escolher algumas opções mais leves em “margens da janela”. Você pode combiar o tema CRUX com as bordas no estilo Atlanta ou Esco.

Outra dica é alterar o comportamento do Nautilus. Por exemplo, desabilitar a contagem de itens em cada diretório, não apresentar textos nas miniaturas de ícones, ou ainda, remover ícones do desktop. Você pode testar cada opção e avaliar o resultado. A lista de dicas é grande.

Boa Sorte!

Fonte:
http://library.gnome.org/admin/system-admin-guide/stable/performance-8.html.pt